これの続き。
ファイルアップロードのデフォルトパスを指定するを参照して、その通りやってみようとしましたが、
<input name="extra_path_site" />
が見つからず。同じ[MT]/tmpl/cms/upload.tmpl の中に変更箇所があるのだろうと推測したところ、
<input name="extra_path" id="extra_path"/>
という記述があり、
<input name="extra_path" id="extra_path" value="images"/>
に変えたらうまくいった。